De nombreux facteurs rentrent en jeu dans les cas d'infertilité :

• défauts dans la mise en place de l'insémination, comme par exemple pour l'étalon :
  • durée de la saison de monte,
  • nombre de juments saillies,
  • alimentation,
  • exercice pris,
  • premières saillies pour les chevaux de compétition mis à la reproduction assez tard et dont la libido a été réfrénée par le dressage.
• dysfonctionnement pathologique du tractus génital (ensemble de fibres ou d'organes se faisant suite) de la poulinière ou de l'étalon,
• maladies infectieuses chez l'étalon ou la poulinière.

La monte en liberté présente de bons résultats en fertilité car l'étalon souffle lui-même les poulinières et peut les saillir pendant toute la durée des chaleurs. Mais, outre les accidents possibles, un étalon ne peut disposer pour la monte en liberté que de 20 à 30 juments ce qui est très insuffisants pour les étalons renommés. Cependant, il est à noter que Gauguin de Lully, vainqueur international en dressage, fait la monte exclusivement en liberté au sein de son troupeau de jument...

En utilisant l'insémination artificielle ou la monte en main avec des juments suivies médicalement, en bonne santé, on préserve les étalons en ne pratiquant que des saillies "utiles" afin de parvenir à un taux supérieur à 80 % de juments pleines. Cependant, il est à noter que les juments de sport étant mises tardivement à la reproduction, il est normal qu'on obtienne, dans ce cas, un pourcentage inférieur.

Pour augmenter les chances d'obtenir une gestation, il est impératif que la jument corresponde à quelques critères de base :

• bonne santé générale,
• entretien régulier,
• ni maigre, ni grasse,
• bien alimenté depuis une durée assez longue pour avoir des réserves complétés et aucune carence notamment en vitamines et en oligo-éléments,
• passage d'un examen gynécologique ayant permis de détecter d'éventuels freins à la réussite de l'insémination, tels que des ovaires petits et durs, des anomalies de l'utérus, des kystes sur les ovaires,...

Certains problèmes physiologiques peuvent survenir assez fréquemment, comme :

• Certaines juments n'ayant pas de nouvelles chaleurs à la date prévue (avec ou sans saillie préalable) sont dites "bloquées" car un corps jaune pseudogestatif persiste et devra être éliminé grâce à un traitement adapté à base d'injection de prostaglandine.
• Certaines juments ne présentent pas de chaleurs car un des follicules n'entre pas en déhiscence (manière dont un organe clos s'ouvre naturellement) et devient kystique, sans qu'on en connaisse les causes exactes. Le kyste sera détruit par des injections de prostaglandine, des irrigations et éventuellement des ponctions du kyste.
• Certaines juments sont "nymphomanes" et ont des chaleurs très rapprochées voire continuelles, avec des effets spectaculaires pendant lesquelles elles urinent au moindre contact mais ont de grandes difficultés pour être fécondée. Le traitement tentera de retrouver un cycle normal avec une ponte ovulaire et un repos sexuel pour obtenir un cycle suivant normal pendant lequel la jument pourra être fécondée.

Ce schéma regroupe les diférents paramétres influençant la fertilité.